Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues

Denis Faure (1) , Patricia Bonin (2, 3) , Robert Duran (4) , Pierre Amato (5) , Florence Arsene-Ploetze (6) , Jean-Christophe Auguet , Bernard Legrand , Philippe N. Bertin , Yvan Bettarel (7) , Aurélie Bigot-Clivot , Nicolas Blot , Manuel Blouin (8) , Myriam Bormans (9) , Marc Bouvy , O Bruneel , Aurélie Cébron , Urania Christaki , Ivan Couée (9) , Cristiana Cravo-Laureau (4) , Michael Danger , Julien de Lorgeril , Yves Desdevises , Yves Dessaux , D Destoumieux-Garzón , Élodie Duprat , Gaël Erauso , Feth El Zahar Haichar (10) , Éric Fouilland , Andre-Jean Francez (9) , Nathalie Fromin , Alain Geffard , Jean-François Ghiglione , Arnaud Huguet , Vincent Grossi (11) , Katell Guizien (12) , Ludwig Jardillier , Pascal Jouquet , Fabien Joux , Aurore Kaisermann , Oliver Kaltz , Jean-Christophe Lata , Antoine Lecerf , Corinne Leyval , Patricia Luis (10) , Estelle Masseret , Audrey Niboyet (13, 14) , Philippe Normand (10) , Frédéric Plewniak , Franck Poly (10) , Soizic Prado , Achim Quaiser (9) , Pascal Ratet , Agnès Richaume (10) , Jean-Luc Rolland , Jean-Luc Rols , Jf Rontani , Francesca Rossi , Sophie Sablé (15) , P Sivadon , Philippe Soudant (16) , Christian Tamburini , Aline Tribollet (17) , Claire Valiente Moro , France van Wambeke , Philippe Vandenkoornhuyse (2) , Stéphane Vuilleumier (6) , Philippe Vandenkoornhuyse (9)

1 I2BC - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
2 MIO - Institut méditerranéen d'océanologie
3 UTLN - Université de Toulon
4 IPREM - Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux
5 ICCF - Institut de Chimie de Clermont-Ferrand
6 GMGM - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
7 Ecosym - Ecologie des systèmes marins côtiers
8 Agroécologie [Dijon]
9 ECOBIO - Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes]
10 LEM - Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557
11 LGL-TPE - Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement
12 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
13 AgroParisTech
14 iEES Paris - Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris
15 LIENSs - LIttoral ENvironnement et Sociétés
16 LEMAR - Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR)
17 BTP - Biogéochimie-Traceurs-Paléoclimat

Microbes are phylogenetically (Archaea, Bacteria, Eukarya, and viruses) and functionally diverse. They colonize highly varied environments and rapidly respond to and evolve as a response to local and global environmental changes, including those induced by pollutants resulting from human activities. This review exemplifies the Microbial Ecology EC2CO consortium’s efforts to explore the biology, ecology, diversity, and roles of microbes in aquatic and continental ecosystems.

Keywords: Critical zone; Environmental microbiology; Microbial ecology; ACL; Microbial ecosystems

Domains: Biodiversity and Ecology; Environment and Society

Denis Faure, Patricia Bonin, Robert Duran, Pierre Amato, Florence Arsene-Ploetze, et al.. Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues. Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (18), pp.13577-13598. ⟨10.1007/s11356-015-5164-5⟩. ⟨hal-01247096⟩